博物馆基本陈列有3个展厅，第一展厅陈列出土文物400余件，辅以照片、图表、模型，介绍了遗址的基本情况。 引人注目的是一个面积为100平方米的“七千年前河姆渡生态环境”大模型，在声、光、电的自动控制下，形象地再现了7000年前河姆渡先民过着定居生活，从事农业、狩猎等生产、生活场景，维妙维肖，栩栩如生。

　　遗址中出土的大量动物骨骼, 经鉴定属于61个动物种属。从陈列的鸟类、鱼类、爬行类及哺乳类的骨骼残片，展示了昔日的河姆渡是古林参天，水草茂密，虎吟象吼，鱼跃雁飞，一派生机盎然的动物世界,堪称7000年前的古动物王国。

　　第二展厅“稻作经济”，反映稻作农业及渔猎采集活动，展出的实物有7000年前的人工栽培稻谷及照片，稻谷芒刺清晰，颗粒饱满，令人叹为观止。此外展出的还有骨耜、木杵和石磨盘、石球等稻作经济的全套耕作、加工工具。 带炭化饭粒的陶片和以夹炭黑陶为主的釜、钵、盘、豆、盆、罐、盉 、鼎、盂等炊、饮、贮器，说明早在7000年前我们东方民族的饮食习惯已基本形成，种植水稻是河姆渡人的重要经济活动，他们的饮食文化已很丰富了。

　　河姆渡先民发明了农业以后，生活状况有了根本改变，但还是不能满足他们的生活需要，从陈列的骨哨、骨箭头、弹丸等渔猎工具、酸枣、橡子、芡实、菱角等丰富的果实来看，证明渔猎和采集仍是河姆渡人不可缺少的经济活动。
第三展厅反映河姆渡人“定居生活”和“原始艺术”两个内容。陈列着被称为是建筑史上奇迹的带有榫卯的干栏式建筑木构件和加工工具。此外，陈列的还有种类繁多的纺织工具，展示了当时成熟的纺织技术。
　　在生产和生活领域里创造了许许多多奇迹的河姆渡人，以其精湛的雕刻工艺，生动逼真的陶塑，优美的刻划装饰与绚丽的绘画，创造了辉煌的原始艺术，展现了河姆渡先民丰富多彩的精神生活。他们以象牙、骨、玉、石、陶、木为载体，通过琢磨、刻划、捏塑、绘画等艺术手段，给我们留下了许多构思奇巧、寓意深远的艺术作品，那种讲究对称、追求平衡的审美意识和整齐、稳重、沉静的艺术作品，令人赞叹不已。展出的众多艺术品中，尤以象牙雕刻件最为珍贵，其中就有作为遗址标志的“双鸟朝阳”蝶形器。

　　河姆渡先民以其勤劳的双手，非凡的智慧，创造出光辉灿烂的原始文明，证明了滚滚东流的长江也是中华民族文化的发祥地， 长江和黄河一样，都是孕育我们民族的母亲河,都是哺育中华古文明的摇篮。河姆渡遗址的发现, 被学术界公认是中国最重要的考古发现之一，同类型的文化被命名为“河姆渡文化”,1982年公布为全国重点文物保护单位。

　　以遗址考古发掘场复原和四栋“干栏式”建筑再现为主体内容的遗址公园，在文物陈列馆东南100米处，占地面积23000平方米。内设有全国重点文物保护单位“河姆渡遗址”标志碑和花岗石镌刻的遗址说明碑。
 
　　2800平方米考古发掘现场布满7000年前河姆渡人留下的密密麻麻的木建筑构件和散布其间的文物。场面之宏大，文物之丰富，令人惊叹不已。四栋复原的"干栏式"建筑古朴、野趣，再现了河姆渡人高超的建筑技术，室内外布置着各类生活、生产场景，妇女们纺纱织布，男人们斫木盖房；有的磨制骨器，有的和泥制陶，有的凝神雕刻。水田、古井、埠头、祭祀广场等原始场景反映了7000年前的原始聚落的风貌。倘佯在遗址公园，面对着这些河姆渡人创造的原始文明，耳边仿佛传来河姆渡人用那骨哨吹奏的悠长的曲调， 在向你倾诉着那段历史，不由使人思绪绵绵。脚下那4万平方米的遗址下面还有尚未告诉人们的河姆渡人的秘密。