明洪武二十三年（ 1390 ），苗族首领谭应贞、杜回子以莽山为根据地，领导湘粤边境的苗族、瑶族及汉族人民起义，官府派重兵往莽山镇压，所有四十八山九溪十八峒的苗族瑶族均遭到血腥屠杀，“大兵征剿，后民十亡六七”，原来瑶人聚居地蕨子坪，因杀戮殆尽，地成废墟，故称“绝子坪”（一名蕨子坪，现改成“泽子坪”）。

    明正德元年（ 1506 ），知县邱云汉详报上司剿平“匪寇”，招民耕种荒废田园，由江夏人黄福安、瑶人赵文才入山承顶莽山瑶粮 58 石，此后瑶族陆续迁入莽山，里甲户口渐增。正德五年（ 15 10 ），郴桂守备署由桂阳州移驻宜章，兼防 2 州 7 县，后增 8 县，并在瑶民出入险要山隘溪峒处，设立哨、堡、营、司、塘，派兵驻守。正德十二年（ 15 17 ），莽山、西山、笠头洞瑶族首领龚福全、李斌、梁柏桂、阳延寿率湘粤边境瑶汉农民起义，四路出击，攻克州县。朝廷派都御使秦金、赣抚王守仁调集湘、赣、粤 3 省官军和地方武装共同围剿，追至莽山，破寨栅九十，俘义军 3000 余人，龚福全、李斌等被擒遇害，瑶汉人民又一次遭到残酷杀害和洗劫。秦金对瑶族实行先剿后抚、剿抚并举的政策，并派邹千长、丁千长守西山，黄千长守大罗山，刘千长守象牙山。崇祯九年（ 16 36 ），临（武）蓝（山）矿工起义连结宜章县和广东九峰瑶族“啸聚万计”，开仓济贫，瑶汉人民团结战斗，先克郴（州）桂（阳），继克衡阳、长沙，挺进赣南粤北，朝廷派湘、粤、鄂、赣 4 省兵力，集结宜章，攻打莽山，合兵围剿，但瑶汉人民坚强不屈，提出“官有万兵、我有万山、敌来我走、敌去我还”的作战方针，斗争持续达 4 年之久。

    “清顺治二年（ 1645 ），明副总兵曹志建统兵万余，由宁远进剿四年冬，复来据郴。五年，据龙虎关。自称公爵 ，委换衡、永、郴、桂各官。六年，旋入县境，劫持黄沙、笆篱二堡，杀戮伤惨甚于流贼。清兵围之莽山蕨子坪，粮尽，尽歼之”。县内有人研究认为，曹志建系李自成冒名顶替，故提出“李自成死于莽山”之说。李自成的归宿由死于通山、石门等二说增为通山、石门、莽山等三说，国内史学界一时纷纷扬扬，使得许多专家学者前往莽山追踪调查。

    道光十一年（ 18 31 ）十二月，江华瑶族首领赵金龙于锦田起义，莽山大多数瑶人前往参加，攻克蓝山、江华各县、击毙常德提督海陵阿宝庆和协将马韬。次年三月，湖广提督罗思举、贵州提督余步云率官军镇压，起义失败，部份起义军官兵疏散隐蔽于莽山。咸丰元年（ 18 51 ）八月初七，妇女领袖王萧氏在莽山天塘湾、塘坊岭率众一举击毙官府守备赵鸿宾、千总张凌云、把总杜瑞、额外各 1 人及兵丁 11 人，其声震朝廷，不数日，官府增兵疯狂反扑，王萧氏不幸被俘遇害。自此以后，兵事迭起，官军经常往莽山进剿，湖南巡抚骆秉章以莽山形势险要，划为特别区，督办团练，名永安团，全峒瑶民仅 400 余户，办团养兵百姓负担日重。

    民国时期，官匪频繁劫掠莽山，经常发生战事。莽山天堂湾、何家、谢家、园岭、南门庄、小黄家遭匪反复蹂躏，匪徒们杀害瑶民、焚烧房屋，掳走人丁，抢劫财物。莽山复创永安团，募常备兵20名，预备兵40名，兵费开支全部