水师府位于振扬门北侧，为中轴对称二进式仿古建筑，座北朝南分布，占地3220平方米，建筑面积1100平方米。大门南向，正对振扬门，东西两侧分别建有四柱斗拱飞檐碑亭，亭内分别立“忠”、“孝”字碑，二字相向。碑高皆三米，碑背分别刻戚继光生平和戚景通（继光父）生平。水师府为二进式院落，每进有正厅和东西厢房各一，且有回廊相连结。正厅、厢房皆单檐，琉璃瓦覆面，脊置六兽，皆有前明廊连于回廊。正厅屋面开山，厢房屋面歇山。现辟为戚继光纪念馆。