昌珠寺由大殿、转经围廊，廓院三部分组成，共二层，砖木结构。主要建筑是措钦大殿，底层供养松赞干布、释迦牟尼、观世音的塑像。二层殿名“乃定学”传为昌珠寺中最古老的殿堂，主供莲花生佛像。主殿里供奉着一幅当年乃东泽措巴的珍珠唐卡，是一件世界罕见的珍宝。

   据说昌珠寺在建寺初期，还曾有一尊能说话的度母像供在主殿里。另外，在托且拉康殿内，至今还仍保存着一个土灶，上面还放有据说是当年文成公主曾使用过的一个陶盆，而“托且”在藏语中的意思是“谢谢”或“感谢”，所以该名意味深长。
由于传说莲花生大师和米拉日巴等著名的佛教高僧都曾在昌珠寺附近修行过，其修行地遗址仍存，所以昌珠寺一带仍为许多佛教信徒的朝拜圣地。

参观要点
珍珠唐卡
提到昌珠寺不得不提到它那声名远播的镇寺之宝——珍珠唐卡，是一件世界罕见的珍宝。这幅用珍珠串起成线条绘出的“观世音菩萨憩息图”（坚期木厄额松像），是元末明初的西藏帕莫竹巴王朝时期，由当时的乃东王的王后出资制成的。整幅唐卡长2米，宽1．2米，镶嵌珍珠共计29026颗，钻石一颗，红宝石二颗，蓝宝石一颗，紫宝石0．55两，绿松石0．91两（计185粒），黄金15．5克，珊瑚4.1两（计1997颗）。这幅价值连城的唐卡能保存至今，实属不易。 

释迦牟尼唐卡
此外还有文成公主亲手绣制的释迦牟尼唐卡，它与珍珠唐卡均保存在大殿楼顶二层最靠后的一间房里，平时游客稀少时不开放，需要去找管钥匙的人将门打开。 
跳神面具
昌珠寺内的跳神面具也十分精致漂亮，另外该寺还存有吐蕃时期的壁画，与墙壁上细腻的新绘壁画相映成趣。