相传，明崇祯十五年（1642年），蒙古首领支持达赖五世打败藏巴汗后，建立了格鲁派统治政权，其政权机构即设于此。直到清顺治五年（1648年）布达拉宫白宫建成，达赖五世由该处移居布达拉宫，政权机构也随着转移。后来，把格鲁派统治的西藏地方政权统称为甘丹颇章政权。