科加寺在藏语中是“定居”的意思。科加寺兴建的时代现在已难以考证，据说以前噶尔一带的居民擅长铸造佛像，有一天，居民们用马车运送一尊观音像，走到孔雀河边，马车被石头卡住，怎么弄也无法继续前行，于是人们就在车停之处建造了一座庙，取名科加寺。