阿图什市历史悠久，源远流长，是克孜勒苏·柯尔克孜自治州首府所在地。公元前60年（汉宣帝神爵三年）阿图什市境正式列入汉朝版图。曾是西域三十六国之一的蔬勒国的国都。二千多年来，市境的属辖历经变更，但始终是中国神圣领土不可分割的一部分。1938年，新疆省政府批准设立阿图什设治局，辖4镇6乡。1943年1月正式设置阿图什县，隶属新疆第二行政区。1949年9月阿图什县和平解放。1950年3月建立县人民政府。1954年7月克孜勒苏·柯尔克孜自治州成立后，划归其管理，并成为州府所在地。1986年6月，国务院批准撤销阿图什县设立阿图什市。

    宏伟壮观的帕米尔就虎踞在这块雄奇的土地上，地势奇高，雪峰遍立，素有“万山之祖”之誉。

　　克孜勒苏柯尔克孜自治州地处天山南麓，昆仑山北段，塔里木盆地西北部，是新疆也是我国的最西端。东部与阿克苏地区为邻，南部与喀什地区交界，北部和西部隔天山南脉与吉尔吉斯斯坦和塔吉克斯坦毗连，国境线长达1170余公里。地势西北高东南低，海拔高度在1197-7719米，境内地形相对高差极大，平均海拔3000米。南部、西部和北部是高山地带，地处帕米尔高原和南天山之间，是该州主要的牧业区，西昆仑末端屹立着公格尔峰和"冰山之父"慕士塔格峰，海拔分别为7719米和7546米，是新疆境内的高峰之冠。东南部是州内唯一的山麓平原，海拔亦在1197--1500米之间。

　　这里地质构造复杂，矿藏资源丰富；物产丰饶，"无花果之乡"阿图什即在这里。这里不仅有着绮丽的高原风光，柯族风情更是浓郁独特，这里是著名英雄史诗《玛纳斯史诗》的故乡，柯尔克孜族人世世代代在这里过着游牧生活，至今仍保存着传统的风俗习惯。民族歌舞、玛纳斯史诗弹唱都让人充分领略这个古老民族的独特风情。

   阿图什市境内资源丰富。矿产资源和野生动植物资源较为丰富。水资源主要用于农业灌溉，博古孜河和恰克马克河是两大主要水系。金属矿有：铁、钛、钒、铜、金、铅、锌等十多种，非金属矿有湖盐、煤、磷、石灰石、大理石、云母、水晶石、石膏、莹石等。野生动物既有飞禽走兽，也有水中游鱼，种类繁多，分布广阔共有60余种，目前列入国家重点保护范围的有棕熊、仙鹤、猞猁、雪豹、长尾雉、天鹅、青羊、盘羊、狼獾、扫雪等。野生药用植物有党参、掌参、车前、青兰、独活、甘草、麻黄、野红花、黄连等。