该保护区内生活着许多濒临灭绝的高山珍贵动物，有野牦牛、藏羚羊、藏野驴等大型有蹄类动物，还有大量鸟类群集在各个高山湖泊中，数量不亚于青海湖。

　　这里的自然景观也很优美，有世界上海拨最高的积沙滩沙漠、高原内陆不冻湖——阿其克湖、“高原桂林山水”新青峰、冰川密布的木孜塔格冰峰，此外还有千泪泉、阴阳湖、魔鬼谷等景点；在山中还发现了不少用藏文刻在石头上的密宗咒语。

      本区地处东昆仑中段北坡大型凹陷盆地中，东邻柴达木盆地，南倚昆仑山与藏北高原相接，北部受干旱贫瘠的阿尔山所屏蔽。区内地形复杂多样，构成了保护区的奇特景观。植物从其种类及分布上充分显示着由中亚荒漠向青藏高原过渡的特征，高等植物种类达300余种。并分布有较大面积的高寒草原，加之人迹罕见，使这里成为许多高原野生动物生息繁衍的乐园，区内分布着各种各样的珍禽异兽，高等动物有63种，其中国家重点保护的动物有野牦牛、藏野驴、藏羚、藏原羚、雪豹、黑颈鹤、藏雪鸡等，且种群数量较大，密度较高，被誉为“天然动物园”和“有蹄类动物世界”。该保护区的建立，对保护典型高原生态系统和开展生物地理、地质、气象等学科的研究均有极为重要的意义。

      阿尔金山自然保护区是封闭性高山盆地，内陆河水向盆地中心汇集，形成了十多个高原湖泊。

　　其中最大的是阿雅克库大湖，面积为510平方公里。湖东南百里以外是高原最大的库木库勒沙漠，海拔4000多米，是世界上海拔最高的沙漠。

　　从巨大的沙山下，涌出清泉，呈现出沙湖相连，沙泉共存、沙漠与沼泽相间的奇观胜景。沙山中的沙子泉，很像敦煌的月牙泉，泉水涌出形成沙子河。