保护区森林覆盖率达92％，主要有针阔混交林、常绿阔叶林、针阔毛竹混交林、毛竹林、灌木林、高山矮林、针叶林等7大类。特别是毛竹种类大约在80种以上，占全国毛竹种类的三分之一。植物种类约有3、4千种，已定名的高等植物149科1800种，如银杏、鹅掌秋、南方铁衫、紫杉、三尖杉、半枫荷、银种树、水松等，有“天然植物园”之称。　

 
　　区内野生动物达400多种，脊椎动物中兽类近百种。有华南虎、猕猴、毛冠鹿、白颈长尾雉、黄腹角雉、穿山甲、苏门羚等国家保护动物和在全国罕见或少见的崇安髭蟾(又称角怪)、丽棘晰、竹鼠、闭壳龟及蝾螈、雨蛙等。挂墩一带是候鸟南北迁飞的歇脚地，也是世界上鸟类资源最多的地区之一，大约有300多种，被誉为“鸟的天堂”。

大竹岚是世界生物模式的标本产地，有“昆虫世界”、“蛇的王国”之称。全国昆虫有32个目1000个科，而这里已定名的就有31个目300多个科。这里的蛇比大连蛇岛上的蛇还要多。已发现有5科26种，单是我国独有的剧毒蛇──五步蛇就有50万条以上。无怪乎许多专家、学者惊叹地说，在一个地方生存着这么多的物种，这在世界上是罕见的。

　
　　武夷山自然保护区为全国5个重点自然保护区之一。乘坐武夷山──保护区──邵武的汽车，可以领略到她的神奇景观。